365bet很卡,老司机拥有的家用小型软件来不及上车

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大家好?在每周的火活数据库专栏上问候大家。本周,我们将继续努力的精神,而不会停止周期,而是深入探讨这个新兴热点背后的故事。但是,当涉及到今天的主角circPrimer1.2时,我不得不说我很疏忽,实际上已经把它拿出来与大家聊天。敏锐的朋友一定发现事情并不容易,是的,今天我不是在谈论数据库,而是一小部分不需要安装的软件。经过一个月的评估和研究,我不得不叹。什么!“。它的实用性,便利性和强大功能值得在这里再掀一波300字的彩虹屁。谁知道谁在使用它,而丁震m不想在使用它后去拉萨(狗头.jpg)。好吧,让我们继续这个话题,谈论我赞扬的神圣的小软件。
1.软件安装及基本介绍
下载软件压缩包后,右键单击将其解压缩。全部集中在“ circPrimer”应用程序和“帮助”手册上。后者包括中文的详细教程,如果您对火活的介绍有疑问,请仔细阅读手册?
双击circPrimer应用程序以运行它,然后转到软件主页面。您可以看到整个页面非常清晰,大致分为四个显示区域。
在左上角的编辑字段中,您可以输入circbaseID(例如hsa_circ_0000007),circRNA基因坐标(例如chr1:1735857-1737977),宿主基因的基因符号或搜索之前的txt文本文件的路径
您可以在左侧更改hg19 / hg38的版本信息,或单击下面的UCSC按钮以获取circRNA剪接序列和基因组序列。
中间位置的按钮用于设计circRNA引物。
右侧的显示字段用于显示用户的各种操作结果。
circPrimer软件功能非常丰富。接下来,我们将概述circRNA研究过程中最常用的功能。
2.图形注释circRNA
以hsa_circ_0046598为例,在“ 1”下的编辑框中输入hsa_circ_0046598(可以在此处输入的数据类型为:circbaseID,circRNA基因坐标和宿主基因的基因符号),然后单击“ circbase”按钮。刷新页面后,您可以看到circRNA的序列信息显示在屏幕的中间显示字段中,而染色体的位置显示在右侧显示字段中。如果在编辑字段中输入的是宿主基因,则显示所有circRNA,表明该宿主基因可以编码。
单击circbaseID的“ circRNA”下或该染色体序列的“ chr”下。circRNA的图形注释信息显示在页面中间。如果circbase数据库中有circRNA,则circbase数据库中circRNA的相关信息以蓝色文本显示在图像的左上角。第一行是circbaseID和宿主基因的基因符号,即第二行是circRNA基因的坐标,第三行是宿主基因的编号,第四行是circRNA的序列长度。该图片还提供了由circRNA提供的有关外显子和内含子组成的信息。例如,hsa_circ_0046598由宿主基因的外显子7-11组成,外显子7和11封闭在一个环中以形成反向剪接位点。最上面的数据是环状RNA的末端和起始碱基的序列号。
单击Comment按钮。更多详细信息显示在主屏幕上,如下图所示。
CDS:编码区;
UTR:非编码区域;
start_codon:起始密码子;
stop_codon:停止密码子。
返回到该软件的安装位置。您可以看到带有图形注释的circRNA图像已自动保存在该文件夹中。
如果将上周共享的CSCD数据库与circPrimer软件进行比较,您会发现在某些circRNA的两个部分中标记的外显子的结构不一致,并且个人更有可能使用circPrimer和外显子的结构在使用过程中要相信。它更连续,可以与NCBI数据相互确认。三,circRNA引物设计circRNA的难度难以企及,击败科学研究的新手的第一步是引物设计,与线性RNA反引物不同,circRNA需要使用背靠背引物和扩增的片段包含反向剪接位点。由于circRNA的表达频率也很低,因此从引物设计到引物验证再到Sanger测序的所有操作都是危险的。幸运的是,circPrimer软件具有强大而可靠的引物设计功能,可以直接由用户使用。让我在这里说一点,尽管circInteractome数据库也可以设计引物,但我个人认为circPrimer更可靠?
我们将继续以hsa_circ_0046598为例。单击引物“ Divergentprimer”,然后单击“模板”按钮。该软件自动从中间分离环状RNA序列并交换两个序列的位置。使用符号“[”和“]”框住连接子告知您的基础Primer3产品应包含此接头(circPrimer软件将通过将转换后的序列与Primer3相连来设计引物)。如图[GG]所示,它是hsa_circ_0046598反向接头的碱基。
此时,模板序列已自动复制到计算机粘贴板上。单击软件中的“ Primer3(V4.1)”链接,插入模板序列,并将ProductSizeRanges更改为50-100(最大荧光定量PCR数)。-扩增的片段不得超过250个)。单击然后单击“ PickPrimers”按钮。
页面刷新后,您可以看到设计的引物序列。
如果在上一步中无法获得底漆,则可以相应地更改参数设置:
4.引物特异性的证据
下一个功能是我最喜欢的链接。有用于线性mRNA的NCBI引物,可用于blast,而仅用于circRNA引物的blast。单击CheckPrimer。在右侧更新后,将显示Primer Blast的编辑框。
在编辑框中输入在上一步中获得的引物序列(F:GAATCCCCATCCTGCACTTC,R:GGGGCCATTTGAGGTGAAAA),然后单击“检查”。
刷新页面后,您可以看到引物仅产生一个circRNA,它是所需的目标circRNA。单击“ hsa_circ_0046598”。还可以显示图形注释信息。与上面的区别在于,此处还给出了circRNA上引物的位置。上面的“ F”和“ R”是两个引物结合的位置。
如果您的目标circRNA仅由2-3个外显子组成,则设计的背对背引物很可能会释放出其他可被宿主基因转录的circRNA,并且引物的特异性非常低。您可以减少扩增时间或设计延伸至剪切点的引物。如果有任何要求,可以参考手册或在推文中留言,我们下次将详细讨论?
除了上面提到的功能外,circPrimer还具有其他许多功能可供探索。尽管它看起来很简单,但是如果没有它,将会花费很多精力。作为外显子组成的一个例子,我个人有一家公司的销售活动。一家公司观察到:首先去Circbase数据库下载circRNA的Fasta格式文件,然后去NCBI检查宿主基因信息以及该基因的起始和终止碱基。每个外显子,碱基位置,然后使circRNA的序列适应于此,并计算出哪个外显子由哪个circRNA组成…听时会窒息吗?CircPrimer可以稍微解决一下。!当我看到文章结尾时,我将为您带来一些好处-官方帐户:选择圈子并依靠后台说“ Huo Huo circPrimer”的答案,并获得今天的软件。
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